科学笔记

很多人说你笔记工具用得真好，你一定从小就写很多学习笔记吧（雾

其实不然，我从小记忆力出众，从来不写笔记，最多在书上划划；考试也都很容易，完全不值得为此写笔记（大雾

我写笔记的最初诱因，其实是从写日记开始的。

写日记

我在校期间就有写日记的习惯，一开始是老师要求，后来是真的觉得有意思。小的时候都是纸质笔记本，到了大学的某天因为看了善用佳软的推荐而决定用Vim，纵然学习曲线陡峭，但是坚持用下来了。后来通过Vimwiki插件写连用日记，即把每一年的同一天都写在一个文件里，用vimwiki主要图个折叠。然而进一步发现wiki的用法真不错，可以把日记与其他笔记相关联，笔记和笔记间建立各种内部链接，太爽了。这就是我理解笔记的开端，亦即wiki的逻辑。

用Vimwiki写日记的习惯保持了十年，后来人到中年，顾不过来了，就中断了。

Vimwiki用来建立知识体系的思路非常优秀，但是因为是个纯文本编辑器，没有所见所得的情况下用起来还是不习惯。早年的编辑器，虽然支持markdown等语法，但都靠左右分屏显示，更多时候我更愿意只用纯文本视图并靠颅内渲染。后来Typora打破了这一格局，提供了出色的markdown实时渲染效果，非常出名，打破了原markdown编辑器只能左右分栏的套路，十分科学，成为了markdown笔记软件设计的标配。不过Typora本身并不太适合写笔记，定位只是个编辑器，我的主要用途是写博客（比如本文）。

印象笔记

对于富文本笔记软件的尝试始于Evernote。大约是2008年的时候也是从善用佳软的网站上看到推荐，记得那个时候还是个连中文搜索、笔记同步都还没有的软件，但出于尝鲜的想法，下载了一个试试，似乎挺不错，直观感觉是一个可以像word一样编辑的软件，写东西可以不用新建一个word，而且可以全局搜索，很方便。而且我需要的笔记间链接功能也是有的，满足我的需求，所以看到什么就往里面放。

后来Evernote的功能越来越完善，也更加喜欢用。Evernote推出同步以及收费机制后，便开始付费使用。有一度非常痴迷Moleskine，经常海淘买Moleskine与Evernote的联名款笔记本，每一本附3个月高级账号。现在回想真是情怀。

Evernote进入中国后开了小号，相当于开了一分支，叫做印象笔记。印象笔记的好处是与Evernote所有功能一致的情况下，因为走国内服务器所以同步飞快。那个时期正好是我步入工作的时候，于是把工作相关笔记全部写在印象笔记里，多终端同步，非常舒适。在这个阶段，我除了一股脑摘录之外（剪藏功能非常好用），还开始注重笔记间的关联，对于梳理知识体系而言非常有效。

我在这个阶段，主要用的都是印象笔记，有那么四五年的甜蜜期，我一度逢人就推荐，而且把主要的工作积累都放在印象笔记里。不过事情慢慢发生了一些变化：印象笔记与Evernote正式分家，印象笔记完全在中国运作，也开始和国内某些服务商一样开始恶心人。先是推出了高级账号以上的专业账号，这个我还是买单了。后来发现即便是专业账号，也还是会看到广告，这就有些蛋疼了。再后来逐渐加了各种功能，越来越臃肿，以至于打开一则笔记要卡半天，完全失去了初衷。更新出的东西华而不实（很多还是抄别人但又没抄好的），使用逻辑越来越复杂，非常垃圾。

于是我退回到了一个很老的版本，是印象笔记为了兼容XP专门放出的，大约是最后一个响应快速、没有广告的桌面。鉴于我在印象笔记里已经有一万多条笔记，完全放弃也很难，打算就这样一直用下去，同时找找新的替代品，等服务到期后（2027年），我想我是不会再续费了。

这篇文章分析了Evernote是怎么凉的：Why Evernote Failed to Realize Its Potential [The Full History]

印象笔记替代品

在印象笔记表现出流氓姿态后，我正式放弃，并同时开始物色一款像印象笔记的软件。首先我找了一个国产的为知笔记。我一开始用了免费版，同时内购了iOS的同步IAP，用起来也不错。但很快为知也流氓了，关闭了免费用户的同步功能，我买的内购也就白买了。不是说收费不行，但给人的体验极差，担心建在云上的知识库说没就没。

所以进一步开始物色有链接、有同步并且能够自主控制的产品，顺着这个需求找到了Jolpin，这是一个开源的，且支持内置webdav同步的笔记软件，带所见即所得编辑器，以及还不错的剪藏插件，而且有手机端app，基本上就是印象笔记平替，同时同步服务是自主可控的。试用了一下挺不错，但同步起来似乎有些小问题，就没有深入使用。不过后来Joplin又提供了新的同步方案，就没有这个问题了。但Joplin始终有些小bug，不堪大用。

某次看别人推荐upnote，试用后发现很好用，可以说是Joplin的完成形态。很多地方用起来都非常像Evernote或是Joplin，比如添加内部链接的方式，都是选中要插入的笔记复制链接，然后贴到你想要的位置。此外，TOC、同步都是有的，还有外链分享（墙），总体来说完成度很高。而且还有定期导出为markdown备份的选项，让我觉得这个软件虽然走的云同步但还是相对可靠的，买了会员以表示支持。

双链笔记时代

在2020年前后，笔记界迎来了跨时代的史诗重大创新：反向链接。或称为双向链接，也就是在A笔记中插入B笔记的链接，同时在B笔记的阅读界面自动提示有A笔记及其它笔记引用了B笔记。听起来平平无奇，实则大有好处。

笔记内部链接其实很早就有，比如我早年用来写日的vimwiki，就有非常方便的wiki式内部链接，对于建立知识库非常有用。反向链接把这一好处进一步放大，能直接生成知识地图，这似乎是Roam Research的首创，我不太确定是否有更早的来源。

双链时代下我首先用的是obsidian，很直观也很好用，源文件全部markdown格式保存，非常友好。插入链接的方式是打两个方括号，一下子让我以为我在用vimwiki。obsidian里甚至还有个模拟vim操作的功能，非常有意思。比较遗憾的是缺少实时渲染的编辑器，还是编辑、预览分离模式，而且这个功能需求提了很久很久还是没更新，开发节奏偏慢，所以在当时我没有用起来。但这让我意识到，笔记选型要以双链为必备功能，双链的具体要求是：能够通过各种引导符号直接搜索并插入内部链接，而不是像印象笔记那中复制好笔记链接在插入的古老方式。

某次听说为知重构了，并且可以自建docker，于是装一个试试。重构版给人的感觉非常惊艳，基本具备了现代笔记软件的主要功能，包括双链、知识图、实时协作、评论、思维导图和结构图等。并且允许自建docker，这个docker是全功能型的，带web端笔记功能（还是一代web界面，有待更新），带帐号配置及同步功能，很适合小团队内协作使用（免费版5人上限）。如果说缺点主要是移动端还不太完善、操作起来不太顺手，还有待更新。

某天又想到之前在跑unraid时曾用过一次Trilium，当时嫌太丑，没用下去，但基本满足以上要求。于是又在服务器上跑了一个，同时在电脑上装了客户端，两者配置好同步。再次使用发现依然有些难用，这个界面就非常不友好，部分功能通过脚本来实现，而脚本竟然是直接写在笔记目录下的，很神奇的逻辑。但一旦接受这个设定之后，就开始觉得好用了，尤其是无限层级笔记功能，一开始没理解，真正用起来之后发现非常棒，再次刷新了我对笔记的认识。

印象笔记是没有层级的，虽然有笔记本组、笔记本、笔记这三层，但所有的笔记都是平级的。但实际上，笔记之前的层级关系是有益处的，可以帮助理解其中的逻辑关系。比如在Trilium下，我可以随手写一则笔记，其中为了解释其中一个概念，新建另一则笔记具体展开，这个笔记中引用了某篇文献作参考……

与无限层级笔记配套的功能是clone，可以打破层级的限制，使得所有笔记都是同等地位的。所以在Trilium中，笔记是有层级又可以是没有层级的。举个例子，我在Trilium中剪藏网上一篇文章，会默认放到当日笔记之下；对于有明确目的性的笔记，我可以clone到合适的别的笔记之下；A笔记被clone到B笔记下之后，A笔记会自动嵌入到B笔记的底部，这时A笔记就不再是简单收录的一篇文章，而是某一主题的一篇参考文献。

另外，就网页剪藏而言，我原本以为印象笔记是剪藏是最完美的，会自动判断相似性并放到其认为最匹配的笔记本里，通常都挺准的，非常牛逼。Trilium的用法其实更为科学。

使用Trilium有半年时间，让我体会到层级笔记的好处。然而Trilium在几次更新也变得难用了，越来越不顺手，反向链接索性隐藏默认不显示了。于是换成了国人开发的思源笔记，同样有层级笔记，而且编辑器很好用。同时本土化很好，比如可以用两个中文方括号来引导插入内链，非常方便。同步必须用官方服务，而且只能手动同步有些蛋疼。不过也可以用其它同步软件同步本地文件后使用，所以也还可以接受。目前看摘录有些垃圾、手机APP很垃圾，其它还好。充值了一年的费用，作为支持。思源还有个官方的docker，我以为可以跑同步，其实只是个web版笔记，用用也还行，如果能作为同步服务器就更好了。

思源的主要问题是同步很糟糕，一方面是开发者多次变更同步机制导致数据问题，另一方面思源每次启动就要计算各种反链等笔记结构的机制会大大拖慢启动速度，在电脑上感知不明显，但在手机上因性能问题会导致启动很慢。而且原文件存储+数据库实时编译的方式，注定同步不会太理想，经常会出现需要重新生成索引的情况。在经历过多次开发者重构同步功能后，我索性放弃同步了，只跑在web上用用。除去同步这个问题，思源大约是开源社区最好用、最美观的结构型笔记软件，非常适合用来构建某个领域的全面知识体系。我现在拿它来写一些病理方面的笔记。

Logseq-日程型笔记

我最初管理日程是用滴答的，很不错。不过在某次莫名试用了logseq（当时还是金丝雀测试版本）之后，让我意识到原来笔记软件也是可以用来作日程管理的。有一篇文章专门写了用logseq来进行GTD管理，我虽然不再搞GTD了，但还是有很多启发。进一步深入用了一个多月时间，觉得logseq非常棒，可以说是一个集笔记与日程管理于一体的软件，兼有一定项目管理的效果。我喜欢这个工具是因为它与我的工作流非常匹配。

对于大部分打工人来说，搞个小便签记录一下工作事项是一种普适性工作流。每天的工作事项基本是客户或上级安排过来的，很少有基于项目管理的任务分解而形成的任务。这是大部分项目管理工具的误区，认为所有任务都是分解而来。流水账之外，还是有项目管理及时间管理的要求，需要记录自己有哪些项目在办，以及近期有哪些既定的日程安排。logseq的默认界面，正好暗合了这一工作思路，左边是流水账，右边可设置为项目列表及日程表。当流水账与项目关联起来，就具备了项目管理的基础，即对工作事项的回顾，有无偏离，有无需要补正的。这是反链的好处。

不过logseq还处于比较前期阶段，还有很多功能待完善，比较急需的还是同步，而且会需要经常re-index之后才能正常显示，有些头疼。等它出一个数据库版再试试。另外，logseq只允许大纲模式，大纲一方面有利于梳理逻辑，但另一方面限制了文字发挥的余地，我个人并不喜欢。

Notion-数据库笔记

如果说logseq有一点数据库的影子，那真数据库的鼻祖就要数大名鼎鼎的Notion了。其在刚推出时就是个非常火的一个在线笔记，首次提出了块的概念，而且有非常强大的数据库功能，配合上api似乎可以实现很多牛逼的用途。我在第一时间搞了一个永久账号，但用下来不得要领，因为国内网络的问题，用起来也不流畅，直接拿来当笔记用并不怎么舒服。文章里列举的各种牛逼功能在我这里似乎都没有太大的吸引力。

摸索半天后发现似乎更适合作为信息发布功能来使用，把一些博客的内容放在里面，然后再通过Vercel发布出去，从而自定义样式以及域名。

我理解Notion的特性总体来说是一个数据库，每一个笔记都有特定字段作为frontmatter，可以用来作为数据库中字段，并进一步可以筛选以不同的视图（view）展现出来。甚至你可以设置笔记不单条显示出来，而直接进入到数据库中，后面再以特定的方式进行调用。我尝试用Notion中摘录的文章去喂AI炼丹（llamaindex），有不错的效果。

Notion大火之后，被一顿乱抄。国内的在线笔记几乎都有抄Notion的痕迹，比如某钉、某书。其中某书抄得还是很到位的，功能上更为丰富，协同很棒。如果是团队共同写笔记的话，此类在线应用是首选，便于分享、协同、评论等。我司用的某钉，钉盘上存了挺多文件，但是笔记部分还是偏弱。

Flomo-卡片笔记

在使用思源作为主力的半年的时间里，我还意识到一个更深层次的问题：在这类注重结构化的笔记软件中，我一直沉迷于建立知识体系，热衷于开新坑，建立好多的知识点其实我并没有研究，我平时工作中也用不到，更像是为笔记而笔记，或者说是写给别人看的笔记。这个问题其实在我用vimwiki的时代就存在，我那个时候准备考研，写了大量的没用的笔记，当时我父亲就指出了这个问题，但我沉醉于这种结构化知识体系的先进性，完全听不进去。后来的考试自然也结果不佳。

但真正深刻意识到这个问题并决定改进已经是十多年之后了，正好也看到了flomo的布道文。flomo我们先不说技术先进性如何，但其创始人的营销水平绝对是一流的（这不是讽刺）。同时，flomo的技术水平也是很高的，在及其简单的界面下隐藏着很多细节设计以及高级的功能。

flomo的好处在于碎片化记录，方法学是卡片笔记法。我初步使用还有些不得要领，标签化管理我一直没弄明白。在用了一个月之后，渐渐理解了这个软件的用法，层级化标签真好用，卡片间关联也很方便，我的卡片也越写越好了。很多的思考写成卡片后，后面又一次次打磨，修正当时不成熟的想法。

flomo中的笔记都是零散的，可以设置笔记间的关联，最终能不能碰出火花倒也未必，真让我用卡片笔记写作法去写文章我还是很头疼，还要进一步去优化和适应。

3月用了一个月下来，写了三万多字完全没想到。希望看到用满一年后，完整热力图的样子。 update 理念留了，软件弃了。

Obsidian-全能选手

在理解卡片笔记的好处后，我已经不追求体系化的、结构的知识库了，没啥意思。知识库确实可以帮你建立知识体系，有一个全局观，知道自己有哪些知识盲区并想办法弥补，但实际上我并没有时间去主动扫除知识盲区。我更多的还是被工作推着走，因工作需要而去研究问题并形成笔记，最终以点到面去覆盖某个知识领域。感谢flomo教我卡片笔记法。

但是flomo这个工具并不真正适合我，对我来说不够灵活，连文件都不能上传。而我有很多笔记中，是需要附上文件作参考的。这让我发现我使用场景上的偏差：flomo是以写作为最终目标的，所以卡片都很小，一两段话配张图；而我是以工作中记录心得，以及速查相关心得及梳理为目标的。这一使用场景的偏差，导致我决定再次换工具。

我要再次换回到trilium、siyuan、obsidian、logseq这几个工具中来。这几个工具我都很熟悉，各自的优劣势都很明显。2021年12月23日，obsidian更新到0.13.14版后，终于支持所见即所得模式了，喜大普奔，我决定正式用这个工具。obsidian天然集成有卡片功能，成为我的首要考虑。之后，我又发现有个Remotely-save的插件，可以实现dropbox/onedrive/webdav/S3的同步，这样就可以实现软件内同步而不需要利用外部同步工具了，手机上也能正常同步了。obsidian终于全部达成了可用条件，我正式将其作为我的日程管理工具：装上calendar插件，写每日工作流水，在手机上也可以查看编辑。同步我最初用群晖webdav，没有问题；后来改用阿里OSS，理论上更稳定一点。obsidian的双链也十分好用，中文【就可以引导，且在当前笔记下方显示关链到该笔记的其它笔记，以及提及本笔记标题的其它笔记。

总体来说obsidian是个全能型选手，特别是在更新了property功能、白板功能后，基本是要啥有啥，配合第三方插件理论上可以实现各种不同的用途。特别是有个dataview的插件，有点数据库的意思。我习惯于给每个任务的完成时长作个记录，比如1.5h，这本是随手一写，但我发现可以在笔记中写一段js脚本来实现各种灵活的统计功能来实现小时的汇总统计。

此外，其非常干净纯粹的markdown文本也非常让人放心数据安全及迁移问题——所有内容都是纯文本记录的，直观可读。我愿称之为新时代的Vim。

对了，obsidian还有个好用的日历功能，写写工作计划、日程安排很方便，以致我把它当作一个GTD工具来用。

此后，我又对obsidian的日志作了一轮一轮改造，变成一个非常顺手的工具，无可替代，但很难用文字来表达，附个图吧。

Heptabase-白板笔记

obsidian在更新白板功能后为我打开了一扇新的大门，解决了我的很多问题。我以前都是用双链管理的，笔记多了之后一团乱麻。用了白板之后，发现白板提供了双链以外的另一种管理思路，白板很好用。

但是obsidian的白板功能一直有些不太够用，而白板又是非常重要的视觉工具，比双链更为直观。某天看到了【译制】Ness Labs 专访 Heptabase 联合创始人 Alan Chan · 槿呈Goidea这篇文章，觉得heptabase实在太棒了。于是迅速转投阵营。

在Heptabase中，我开始在白板上进行笔记的写作、修改、拆解等，白板就像一张大桌子，我可以上面自由操作。我尝试用白板来学习新领域的知识，十分有效。

番外：网页摘录

网页摘录并不能算笔记，但其实是个刚需，我一直找不到好用的工具。最初我曾尝试用过cubox，总体理念很不错，但是有审查机制，用起来不舒心，也不放心。

某日，我突然想到之前用过的Trilium，虽然Trilium的界面相对较为简陋，但是剪藏效果也不错，很适合作为摘录数据库使用：看到有用的文章先剪藏进去，对于重点内容可以标注、可以写一些个人看法，最后还可以分享链接出去，作为卡片笔记的参考文献。有些网页放在浏览器收藏夹里，还不如收录到Trilium里更好，方便查找，方便标注。而且完全自建，数据都在自己手上，不用担被和谐的问题。但标注通过编辑来实现总归不够优雅，算了。

后来尝试了Hypothesis，这个工具也很不错，只要在网页中注入https://hypothes.is/embed.js就可以开始标注了，很方便。不过数据存在别人手里，还是不能完全让人放心。

再后来找到一个更好用的工建是hamsterbase，自建，可以作网页标注，内容可控，效果类似于cubox。我加入了先行者计划作为支持。其还有一大好处是可以同步标注内容到obsidian，作为线索进行检索非常好用。

因为笔记软件换成了Heptabase，其中指定的高亮工具关联是Readwise，于是我又去试用了Readwise这个工具，马上也爱上了。我通过Readwise进行网页的高亮标注，高亮部分自动进入Heptabase里。同时，我还可以在Readwise reader里进行管理，阅读各种类型的文本，非常方便。用Readwise reader来读书的一大好处是快：左侧目录快速跳转，正文JK上下行移动、H标注，行云流水。特别适合读中信出版社出的那些书——有点东西但不多——可以快速跳过那些废话，只读精华的部分并作些标记。

为此，我还将微信阅读作了改造，也改成类似于Readwise reader的模样。

番外：AI与笔记软件的融合

在ChatGPT爆火之后，我开始思考AI对笔记软件的影响。最初我以为AI会完全取代传统笔记,因为它可以快速检索、总结和关联信息。但实际使用后发现，AI更像是笔记软件的一个强大辅助工具，而不是替代品。

我现在的工作流程是这样的：在Heptabase中记录日常工作和思考，遇到需要深入研究的问题时会用ChatGPT帮助理解和扩展。AI帮我快速获取信息，但真正的知识内化还是要靠自己写笔记来完成。有趣的是，我发现结合AI后，我的笔记质量反而提高了 - 因为不用把时间花在基础资料搜集上，可以更专注于深度思考。

未来笔记软件可能会向两个方向发展：一是进一步与AI深度集成，比如自动为笔记生成标签、建立知识关联、提供写作建议等；二是强化个人知识管理的独特价值，比如提供更好的可视化工具、更灵活的组织方式等。

理想的未来或许是：AI负责信息获取和初步加工，而笔记软件则专注于帮助用户构建个人知识体系。毕竟，笔记的本质不是存储信息，而是帮助思考和创造。在这个意义上，好的笔记软件在AI时代不仅不会消失，反而会变得更加重要。